Как проверить сайт на вирусы?

Для чего это надо? Что быть уверенным, что это Ваш сайт :)

Как проверить сайт на вирусы?

Фактически векторы атаки разные и там могут быть не только вирусы:
– добавлена переадресация на чужой сайт – воруют Ваш трафик
– переадресация на сайт с троянами – используют Ваш сайт для создания ботнета
– Ваш сайт уже является частью ботнета
– с помощью Вашего сайта (точнее сервиса хостинга) рассылается спам

Самая простая регулярная проверка сайта на вирусы – добавить сайт в Вебмастер mail.ru = там по умолчанию встроен бесплатный антивирус, точнее набор антивирусов.